根据历史真实事件改编而成的《重庆谍战》，讲述了抗日战争期间，国民党政府为了破译日军密码，邀请美国的密码破译专家雅德利加入自己的阵营，并创办了“黑室”密码破译基地的故ccc。1937年，抗日战争全面爆发，南京失守，国民党政府迁往陪都重庆。但日本空军屡次轰炸重庆，中国军民死伤无数。重庆政府决定建立中国的密码情报机构。派遣特工秦骜去武汉抢夺人称“密码之父”的美国专家雅德利。在武汉，秦骜终于见到失散两年的未婚妻扈渝雯，后者已经成为武汉中共地下党员陆涯的妻子。秦骜的出现，打破了她这两年平静的生活。雅德利不肯去重庆服务。而武汉日军也不断派人暗杀雅德利。此时地下党员陆涯接到上级任务，让他协助重庆来的秦骜，将雅德利送往重庆。在执行任务的过程中，陆涯发现原来妻子渝雯竟然是国民党特工。但陆涯仍坚持顾全大局，解救秦骜、渝雯于危难之中，带着雅德利一起来到了重庆黑室。这个技术机构在国共合作的大背景下建立，陆涯、秦骜、渝雯、雅德利等人都加入了黑室。黑室众人团结一心，在破译日军情报方面，屡有斩获。但平静的日子总是非常短暂，某日，黑室为了召开军事会议而采用的最高级别的三级密码本被雅德利偷走，在黑室大老板唐大铭的安排下，陆涯奉命带人追捕“叛徒”雅德利。但其实，这是唐大铭为了查出黑室中长期隐匿的内奸“独臂大盗”而实施的“钓鱼行动”。陆涯的同事李克江等人系数被日本人杀害，陆涯孤身逃出。由于只有陆涯一人生还，因此被黑室认定就是内奸“独臂大盗”。陆涯不能证明自己的清白，只能孤身逃亡。秦骜奉命紧紧追捕陆涯。陆涯陷入危难，渝雯突然出现，以秦骜的性命相要挟，帮助陆涯逃脱。秦骜对陆涯的更加痛恨，发誓一定要亲手捉住陆涯。陆涯和渝雯共同患难，二人重归于好。陆涯和渝雯联手，设计找出和“独臂大盗”保持单线联系的日本特工“四姐”。在寻找线索的过程中，陆涯意外发现唐大铭居然和四姐过从甚密。此时，黑室秘藏的三级密码本再度丢失，黑室陷入一片混乱。秦骜也发现唐大铭的行为有颇多疑点。于是秦骜主动和陆涯示好，二人互通消息，发现疑点都指向唐大铭。正当两人欲联手拿住唐大铭把柄之时，唐大铭突然遭遇暗杀。同一时刻，陆涯从日本人手中抢回了真正的密码本。听闻唐大铭已死，陆涯对秦骜产生了怀疑。此时一直以来被认为已经牺牲的李克江忽然出现。他行踪诡秘，更加使局面扑朔迷离。其实，真正的独臂大盗是秦骜。李克江死里逃生归来，突然现身，在巨大的精神刺激下，秦骜向李克江承认了一切事实，并表明弃暗投明的决心，李克江相信了秦骜，为了让秦骜能够摆脱怀疑，日后可以对国家做更多有益的事情。李克江替秦骜顶下了内奸的骂名，并被秦骜亲手杀死。虽然李克江作为“独臂大盗”死去，但细心的陆涯还是发现了秦骜的种种可疑迹象，仍旧怀疑秦骜才是真正的独臂大盗。但陆涯苦于无法找到证据。这时渝雯突然发生车祸，脑部受到重击，失去了所有和陆涯的记忆，只记得自己曾是秦骜的未婚妻，并重新投入秦骜的怀抱。陆涯陷入痛苦之中。但其实这是渝雯的一个计策，她用自己来实施“美人计”，她成为秦骜的妻子，在朝夕相处的情况下艰难寻找着证据。历尽艰险，渝雯终于找到了确实的证据。但紧接着，她差点被秦骜身边安插的日本人奸细杀害，千钧一发之际，秦骜出现，杀死了日本奸细，放走了渝雯。渝雯逃回黑室，从她带回的证据中找出日军方面有关4的情报，4是一种杀伤力巨大的病菌，日本要在重庆散发这种病菌，形成细菌战。陆涯分析出秦骜可能早已弃暗投明。的确，秦骜早已成为埋伏在日本人身边的眼线。为了保护中国人的安全，秦骜以牺牲自己的生命为代价，毁灭了所有4。但在黑室的上级中仍然隐藏着日本奸细“千手观音”。为了实施日军丧心病狂的细菌战计划，“千手观音”也不惜让自己身染病毒，使得病毒继续在重庆蔓延。陆涯挺身而出，与“千手观音”同陷火海之中，保卫了重庆的安全……夕阳西下的天边，怀孕的渝雯满面泪水地看着烈烈焚烧着的火海，看着自己的爱人与敌人同归于尽。1945年抗战胜利。神州处处，都有英雄的斑斑血泪，无尽英魂。