与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！梨子，来自帕迪亚地区的女孩，进入关东地区的寄宿学校石荣学园。Riko 很高兴收到她的第一个神奇宝贝 Nyaoha，但 Nyaoha 根本不听她的话...... 莉子努力加深与娘哈的联系。另一方面，出现了正在寻找莉子的“神秘吊坠”的可疑人物……！？里科被探险家追赶，该组织的目标是神秘的吊坠。弗里德和喷火龙一起从天上出现并救了他，但他也不能被信任。弗里德的战友“崛起的伏特克”和他们的飞空艇“勇敢的阿萨吉”在被抓走后正在等待着他们……！！Nyaoha 被探险家绑架了。莉克决定把娘哈带回来，弗里德等人会配合。里克和弗里德找到了探险家的藏身处，但阿梅吉奥正在那里等着……！莉子能把Nyaoha找回来吗！？升起伏特克号的飞空艇，因故障不得不紧急迫降在关东地区的一座偏远岛屿上。然后，船上的神奇宝贝霍吉塔突然消失了。Riko 和 Nyaoha 登陆岛上寻找 Hogeta。另一方面，住在偏远岛屿上的男孩罗伊在岛上目睹了从未见过的神秘宝可梦……！？我想再次见到霍盖塔。带着这样的想法，罗伊来到了崛起的伏特克飞空艇前。然而，由于一系列的厄运，很难见到霍吉塔。出发的时间临近了。他们还能再见面吗……？与此同时，阿梅吉奥率领的探索者队的一艘潜艇正接近飞空艇……！？瞄准瑞克和吊坠的探险家们登陆岛屿，阻止了崛起的沃特克人。Rico和Roy联手，与Nyaoha和Hogeta组合进行了一场精彩的战斗，但Amegio和Armor Gaa正在逼近。这时，莉子的吊坠再次发出光芒。罗伊的“远古怪物球”发生了奇怪的事情。崛起的伏特克队继续他们的天空之旅。为了在神奇宝贝对战中变得更强，莉克和罗伊将接受皮卡丘队长的特殊训练……！在拥有压倒性力量的卡普面前，尼奥哈和霍吉塔都有些咬牙切齿。然而，通过与Cap的特殊训练，Rico发现了一些事情......！？崛起伏特克人的飞艇上，储存的食物即将耗尽。有人在吃零食……！？另一方面，成为电话答录机的莉子高效地完成了洗衣和清洁工作。来看看我从罗伊那里听到的“最好的秘密”……！