科学家本（饰）隶属于美国政府某个秘密部门，它通过高科技手段训练豚鼠说话与思考，并将它们培养成特工人aaa。然而，本的部门却面临被关闭的局面，为了证明他和豚鼠特工的能力，本向豚鼠特工队的负责鼠达尔文（山姆·洛克威尔配音）下令，要它们潜入赛博林工业的罗纳德·赛博（饰）的办公室，寻找罗纳德向中东国家出卖可用于军事的高科技芯片的证据。达尔文毫不怠慢，带着布拉斯特（崔西·摩根配音）、华蕾斯（佩内洛普·克鲁兹é配音）、苍蝇莫奇和斯贝克斯（尼古拉斯·凯奇配音）等成员迅速展开行动。　　这群豚鼠特工队员体型虽小，却身怀绝技，它们成功闯入罗纳德的办公室，并下载到重要资料。然而，这场冒险才刚刚开始……