故事的舞台是互联网系统发达的都市「ddd。在那里有经由巨型企业「技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「」的空间。人们都在那个空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「」。在那场传奇的战斗中，「」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之的真身，「海诺因骑士团」盯上「」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「」中